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导致腹泻的病原体有多种，不同的病原体致病机制不同，临床表现也就不一样，不同病原体所致腹泻的粪便的性状是不同的。痢疾杆菌感染者排出的是黏液脓血便，，显微镜下可以看到大量的中性粒细胞和红细胞。霍乱弧菌感染的患者排出的是水样便，显微镜下可以见到少量的白细胞，如果有暗视野显微镜，可以看到这种细菌的运动非常活泼，被称为“鱼群样穿梭”。沙门菌感染者排出的粪便没有十分显著的特点，显微镜下可以见到数量不等的白细胞和红细胞。以上仅仅是显微镜下的观察，如果要进一步确定腹泻的病原体，则一定要做细菌培养，用专门的培养基来针对不同的细菌进行培养，也有专门的诊断试剂来鉴定病原体，然后根据不同的病原体采取不同的治疗措施。
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